Zakład powstał w 1953 roku w wyniku  przekształcenia gospodarstw rybackich Polskiej Akademii Umieję​tności w placówkę badawczo-produkcyjną Polskiej Akademii Nauk. Początkowo placówka ta stanowiła bazę terenową dla Zakładu Biologii Wód PAN w Krakowie, a prowadzone prace miały charakter opisowy. Hodowla karpia a tym terenie ma długoletnią tradycję, szacowaną na ok 400 lat.

W miarę tworzenia w Zakładzie bazy naukowej i zespołu badawczego zdolnego do samodzielnego prowadzenia badań zaczęły dominować prace o charakterze eksperymentalnym. Generalnym założeniem było ich kompleksowe prowadzenie, aby wyniki posiadały zarówno walory poznawcze, jak i aplikacyjne. W pierwszych latach działalność badawcza Zakładu ukierunkowana była na poznanie zespołów hydrobiontów oraz procesów fizyko-chemicznych i przebiegu krążenia materii w stawach.

Na bazie Działu Naukowego Zakładu Doświadczalnego Ichtiobiologii i Gospodarki Stawowej PAN w Gołyszu utworzony został Zakład Ichtiobiologii i Gospodarki Rybackiej Gołysz, który uzyskał z dniem 1 lipca 1992 roku status placówki naukowej Polskiej Akademii Nauk. W dniu 31 grudnia 2015 nastąpiło formalne połączenie Zakładu Doświadczalnego z Zakładem Ichtiobiologii i Gospodarki Rybackiej PAN w Gołyszu.

W 2024 Zakład uzyskał certyfikat Dobrej Praktyki Laboratoryjnej (DPL) w zakresie badań toksyczności środowiskowej w odniesieniu do organizmów wodnych i lądowych. ​Otrzymanie certyfikatu jest potwierdzeniem pozytywnie zakończonej kontroli przeprowadzonej przez Inspektorów Biura ds. Substancji Chemicznych i zgodności działania naszego laboratorium z zasadami Dobrej Praktyki Laboratoryjnej oraz stanowi gwarancję wiarygodności uzyskiwanych wyników badań.